El 18 de mayo de 1947 Flandria jugó su primer partido oficial en la 4º división de ascenso (hoy Primera “D”), en la cancha de Almagro, frente a Alumni de Villa Urquiza. En aquel partido que el equipo Canario ganó por 5 a 3, Titín Caricato se convirtió en el primer jugador en marcar un gol oficial con la camiseta amarilla y negra, con un potente disparo desde 25 metros, cuando apenas iban 10 minutos de juego. Folgueira en dos oportunidades, Brando y Cabral sellaron el marcador para Flandria.
La primera vez que Flandria hizo las veces de local en un torneo oficial AFA fue enfrentando a San Telmo y el encuentro finalizo 1 a 1 con gol de Holvoet. Ese partido se jugó en la cancha del Chano, actual cancha de fútbol infantil del colegio San Luis Gonzaga, que también se encuentra en Jauregui.
Su primera temporada afiliado a AFA le permitió la cosecha de 19 puntos en 30 fechas, con variadas performances a traves de la competicion. En la temporada del año 1950 llego por primera vez a pelear el titulo por el ascenso de la Tercera de Ascenso, ganando el "Torneo Preparacion", pero perdiendo el liderato en la segunda parte del campeonato.
En 1952 Flandria consigue salir campeón de la Tercera de Ascenso, ascendiendo a la "Primera Amateur", donde en su primera temporada acabo en segunda posicion a cinco puntos del lider, Defensores de Belgrano. Repetiria el ser escolta al año siguiente, compartiendo el segundo puesto con Colegiales.
En 1967,producto de una reestructuración y luego de ganar su zona, participó en una liguilla que permitía acceder a la Primera B, perdiendo su chance, siendo derrotado contundentemente por Nueva Chicago, All Boys y Liniers. En el año 1970 Flandria gana su zona en la Primera C y participa del Torneo Campeonato por el ascenso a la Primera B, finalizando en tercera posicion, a tan solo dos puntos del ascenso.
A principios de la decada del 70, se decidio armar un plantel formado exclusivamente por jugadores provenientes de la cantera del club, puestos a las ordenes de un nuevo entrenador, Pedro Mansilla, quien habia dejado la práctica profesional de futbol el año anterior. En 1972 logró su primer ascenso a la Primera B al triunfar en un partido desempate contra Sarmiento de Junín 3 a 1 en la cancha de Ferro, con dos goles de Nocella y uno de Apariente. Ese dia Flandria metió mas de 7000 personas en el Estadio de Ferro. La formacion de esa tarde fue: Curieses; Daniele, Amato, García, Aranda; Vallerino, Soria, Apariente; Nocella ,Scerba y Ferreras.
5 años despues vuelve a decidir en un partido importante contra Sarmiento de Junin, pero esta vez por un desempate por el descenso a la Primera C en cancha de Deportivo Moron., luego de ir perdiendo 1 a 0 logra dar vuelta el resultado con un gol desde la mitad de la cancha de Dantón Seppaquercia a los 47 minutos del segundo tiempo , salvándose de esta manera de descender a la Primera C.
En 1977, Flandria hace su mejor producción de su historia obteniendo la cuarta posición a 8 puntos del campeón Estudiantes de Caseros (al cual venció de local 3-0 y empato 0-0 de visita). Esos ocho puntos fueron lo que distanciaron a Flandria de jugar en la Primera División del Fútbol Argentino. Ese mismo año como dato anecdotico puede decirse que se dió el primer partido televisado en la historia del club, el cual se dió ante Arsenal en el Viejo Gasómetro, partido que finalizo en empate sin goles.
El año 1979 significó un retroceso para el Club, ya que tras un comprobado arreglo entre varios clubes, desciende a la Primera C, entrando a partir de aqui en una etapa muy dura a nivel futbolistico e institucional. Con la muerte de Don Julio Steverlynck en el año 1975, el club comenzó a perder atencion de parte de la fábrica, y sumado a las inundaciones de los años 1985 y 1987, que encontraron a la fabrica sin seguro, no habia dinero para seguir apoyando al Club.
Tal fue la crisis que en el año 1980 de pelear dos años antes por el ascenso a la Primera Division paso a pelear por no descender a la Primera D, jugando un partido desempate contra Barracas Central, el cual se jugo en cancha de Estudiantes de Caseros y que a traves de un 2 a 1 a favor de los Canarios (con goles de Faurlín de penal y Mirabelli) conservo la categoria.
En 1981 termino en las posiciones bajas de la tabla nuevamente e incluso perdio con el clasico rival por 4 a 1, lo que seguia demostrando que habia que tomar decisiones rapidas para salir de la dura situacion. Al año siguiente, logró ingresar al octogonal por el segundo ascenso, pero perdio en cuartos de final por un global de 2 a 1 contra Almagro. Ademas ese mismo año pudo vengarse del 4 a 1 del anterior derbi contra Lujan, convirtiendo misma cantidad de goles, con el añadido que su rival clasico se hallaba perdiendo la categoria.
1983 dejaria a Flandria ultimo en la Zona A de la Primera C,pero sin riesgo a la hora del descenso, al igual que el año siguiente. En 1985 volvió a competir en el peloton de punta, pero quedo a 4 puntos de ingresar al reducido por el Ascenso a la Primera B, con buenas actuaciones ante Barracas Central y Almagro.
En 1986, por una reestructuracion de las divisiones de ascenso con el fin de propiciar el campeonato de Nacional B, Flandria perdio una chance de ascender a la "nueva Primera B", quedando ultimo en la zona B de la Primera C.
La temporada siguiente volvió a pelear por el ascenso, perdiendo nuevamente en cuartos de final, esta vez contundentemente 2-6 en el global ante un Talleres de Remedios de Escalada que posteriormente obtendria el ascenso.
1987 encontraria a Flandria navegando en mitad de tabla al igual que en los años 1988 y 1989 pero con el añadido del retorno de su clásico rival.Estas magras campañas coincidian con la crisis de la fabrica, la cual en 1989 entro en convocatoria de acreedores.
En la Temporada 1990/91, Flandria quedaria a 4 puntos de ingresar al reducido de ascenso, cosa que si se le daria al año siguiente, pero perderia la oportunidad del ascenso perdiendo en semifinales ante San Telmo por un tanto contra cero. Al año siguiente tambien ingresaria al reducido, perdiendo nuevamente en semifinales, esta vez por penales, ante Deportivo Paraguayo, el cual gano 5-4 en la tanda despues que el jugador canario Orlando Contreras estrellara su disparo en el larguero.
En 1994 tendria una nueva chance de ingresar a la Primera B a traves del reducido, perdiendo nuevamente en semifinales ante Tristan Suarez, por 3 a 1 en el resultado global. Dos años despues lograría ser Subcampeon del Apertura 1996 que ganó Berazategui.
Aqui suceden una serie de hechos que marcarían a fuego la historia Canaria. En 1995 protagonizo una de las mayores renovacion de Comision Directiva. Un año despues como baldazo de agua fria caeria la noticia del quiebre y cierre definitivo de la Algodonera Flandria.
La falta de financiamiento y las deudas se volvian tema de conversacion en las asambleas del Club, y el fantasma de la desafiliacion sobrevolaba el Club, pero la respuesta seria futbolistica, y pese al mal momento, nuevamente las divisiones inferiores del Canario serian las portadoras de buenas noticias, esta vez comandadas por Omar Santorelli.
Primeramente consiguio ser escolta de Ituzaingo en el Apertura 1997, y tras una excelente segunda parte, incluida una goleada 7 a 1 contra Ferrocarril Midland, consigue el titulo de campeon del Clausura 1998, dando alegria a un pueblo que venia golpeado de tantas malas noticias.
Solo quedaba el ultimo paso, ganarle en dos finales claves ante el campeon de la primera rueda, Ituzaingo. Flandria lograria ese propósito venciendo en la primer final a Ituzaingó 3-0 en el estadio de Estudiantes de Caseros con dos goles de Kaezuk, el restante de Basso y en la revancha jugada en el estadio de Villa Dálmine lograria nuevamente el triunfo pero por 2- 0 con dos tantos de Basso, lo que significaria el retorno de Flandria a la Primera B.
