Desde ese ascenso en 1998, durante la estadía en la B se sucedían (y sucedieron) temporadas magras, donde el ascenso era un anhelo lejano y la problemática principal era salvarse de la C.
Desde el retorno del Canario a la B,en esta temporada fue la unica ocasion en la cual Flandria tuvo la posibilidad de acceder al Reducido y luchar por una plaza en la Primera B Nacional. Si bien en la temporada 2003/04 logró sumar mayor cantidad de puntos, esta fue la ultima ocasion en la cual Flandria estuvo a tan solo 3 rivales de jugar en la B Nacional. Omar Santorelli habia armado un equipo sumamente competitivo integrado por grandes jugadores como el gran "Lobo" Montenegro, el "Chivo" Castellón, el querido "Colo" Montero, un hoy reconocido Juan Mercier y dos campeones como Menseguez y Brito .
Todo comenzaria un 21 de Agosto del 2001, con un 2 a 1 contra San Telmo, que inauguraria una etapa de invicto que se veria trunco recién en la octava fecha visitando a Almirante Brown. Se recuperaria rapidamente con un historico 5 a 0 ante Temperley en el Carlos V, volviendo a su ruta victoriosa con victorias importantes ante Sarmiento y Deportivo Merlo.
Derrotas ante Ferro y All Boys, ademas de varios empates consecutivos impidieron que el Canario se arrime mas a la lucha por el titulo. Las lesiones fueron haciendo mella en el rendimiento de un plantel bastante corto y eso se fue notando con el transcurso de la segunda etapa del torneo siendo victima de derrotas que harian que el equipo dirigido por el Loco Santorelli se vaya alejando de la cima del campeonato.
El equipo finalizaría su participación en el torneo con un empate en uno contra Deportivo Armenio, quedando a 19 puntos de un Ferrocarril Oeste que se consagraba Campeón de la Primera B. Acabó en novena colocación, accediendo al Playoff de Ascenso, disputando cuartos de final del reducido, perdiendo en dos ocasiones por 2 a 1 ante Sportivo Italiano.
Esta sería la ultima vez que Flandria participó de un Reducido por ascender a la Primera B Nacional.
Resumiendo la Campaña
- Flandria 2 San Telmo 1
- Talleres (RE) 1 Flandria 1
- Flandria 1 Sportivo Italiano 0
- Estudiantes (BA) 1 Flandria 0
- Flandria 3 Argentino de Quilmes 1
- Cambaceres 0 Flandria 0
- Flandria 0 Deportivo Morón 0
- Almirante Brown 2 Flandria 1
- Flandria 5 Temperley 0
- Brown 1 Flandria 2
- Flandria 2 Sarmiento 0
- Argentino (R) 0 Flandria 1
- Flandria 3 Deportivo Merlo 0
- Ituzaingó 0 Flandria 0
- Flandria 2 San Miguel 2
- Tristán Suárez 3 Flandria 3
- Flandria 0 Deportivo Español 0
- All Boys 3 Flandria 0
- Flandria 0 Ferro Carril Oeste 1
- Atlanta 0 Flandria 1
- Flandria 1 Deportivo Armenio 1
- San Telmo 2 Flandria 1
- Flandria 2 Talleres (RE) 1
- Sportivo Italiano 2 Flandria 1
- Flandria 1 Estudiantes (BA) 3
- Argentino de Quilmes 1 Flandria 1
- Flandria 1 Cambaceres 1
- Deportivo Morón 1 Flandria 1
- Flandria 3 Almirante Brown 3
- Temperley 2 Flandria 1
- Flandria 0 Brown 2
- Sarmiento 2 Flandria 0
- Flandria 2 Argentino (R) 1
- Deportivo Merlo 0 Flandria 2
- Flandria 1 Ituzaingó 0
- San Miguel 4 Flandria 0
- Flandria 1 Tristán Suárez 0
- Deportivo Español 2 Flandria 0
- Flandria 0 All Boys 0
- Ferro Carril Oeste 0 Flandria 0
- Flandria 3 Atlanta 0
- Deportivo Armenio 1 Flandria 1
Posiciones Finales
PJ/PG/PE/PP/GF-GC/PUNTOS
1.Ferro Carril Oeste 42 24 9 9 79-34 81
2.Deportivo Español 42 20 15 7 72-46 75
3.Estudiantes (Bs. As.) 42 21 10 11 63-54 73
4.Sportivo Italiano 42 21 9 12 65-43 72
5.Brown (Adrogué) 42 19 10 13 71-52 67
6.Deportivo Armenio 42 16 17 9 63-46 65
7.Almirante Brown 42 18 16 8 58-44 64
8.All Boys 42 18 11 13 69-54 62
9.Flandria 42 16 14 12 52-55 62
10.Deportivo Morón 42 15 16 11 53-44 61
11.Argentino (Rosario) 42 17 9 16 45-43 60
12.Argentino de Quilmes 42 16 11 15 55-55 59
13.Temperley 42 15 16 11 49-47 58 [*]
14.Talleres (R.E.) 42 13 15 14 55-62 54
15.Sarmiento (Junín) 42 15 8 19 61-71 53
16.San Miguel 42 13 13 16 53-54 52
17.Def. de Cambaceres 42 13 13 16 52-60 52
18.San Telmo 42 11 14 17 41-51 47
19.Tristán Suárez 42 9 12 21 54-74 39
20.Atlanta 42 8 9 25 37-59 33
21.Deportivo Merlo 42 7 8 27 37-95 29
22.Ituzaingó 42 3 13 26 34-83 22
Resaltados los clasificados al Playoff de Ascenso. Deportivo Español obtendría el ascenso a la B Nacional